Dokładna data erygowania parafii nie jest znana. Pierwsze wzmianki o jej istnieniu znajdujemy w lustracji województwa podlaskiego z 1570, a w księdze poborowej z 1578 jest wymieniony duchowny cerkwi Rajenskiej. W 1804 parafia liczyła 998 osób, mieszkających w 264 domach. W 1863 w skład parafii oprócz Rajska wchodziły wsie: Chraboły, Deniski, Haćki, Husaki, Jacewicze, Łyse, Nałogi, Plutycze i Stacewicze. Na początku XX wieku w parafii działa szkoła cerkiewno-parafialna z 42 uczniami, 3 szkoły gramoty i szkoła ludowa. I wojna światowa przerwała działalność parafii na okres 10 lat. W 1925 w Rajsku otwarto filię parafii Narodzenia Przenajświętszej Bogarodzicy w Bielsku Podlaskim, a dopiero w 1929 reaktywowano własną. 16 czerwca 1942 wieś Rajsk została spacyfikowana przez okupacyjne wojsko niemieckie. Rozstrzelano 149 mieszkańców, wieś doszczętnie spalono, pozostałą ludność przesiedlono na tereny gmin Brańsk i Boćki. Los wsi podzieliły też rajskie cerkwie. Tuż po wojnie w parafii odnotowano 1974 parafian zamieszkałych w 457 domach.